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基于公共转录组与单细胞RNA测序数据的子痫前期凋亡相关基因生物信息学分析
Authors Liu L , Li X , Yang H , Xu F , Dong X
Received 25 November 2024
Accepted for publication 25 March 2025
Published 7 April 2025 Volume 2025:18 Pages 4785—4812
DOI http://doi.org/10.2147/JIR.S507660
Checked for plagiarism Yes
Review by Single anonymous peer review
Peer reviewer comments 2
Editor who approved publication: Professor Ning Quan
作者:刘玲艳1-3,李秀玲2,3,杨红芬2,3,徐飞3,4,董旭东2,3
1,昆明理工大学科学生命院,云南,昆明
2,云南省第一人民医院产科,昆明理工大学附属医院
3,昆明理工大学医学院
4,云南省第一人民医院疼痛科,昆明理工大学附属医院
摘要:
目的:细胞凋亡在子痫前期(PE)中起关键作用,影响滋养细胞存活及胎盘功能。本研究顺利获得转录组学与单细胞RNA测序(scRNA-seq)技术,探索凋亡相关基因(ARGs)及其细胞机制,以发现潜在的PE生物学标志物。
材料与方法:本研究中所用的所有数据均来自公共数据库。我们采用 scRNA-seq 和差异表达分析,并结合 CytoHubba 插件中的五种算法,来识别作为 PE 生物标志物的 ARGs。这些基因被整合到诊断列线图中。机制研究包括富集分析和免疫谱分析。在单细胞水平上检测生物标志物的表达,并顺利获得 RT-qPCR 在临床样本中进行验证。
结果:分化簇 44(CD44)、巨噬细胞移动抑制因子(MIF)、PIK3R1 和 Toll 样受体 4(TLR4)被确定为 PE 的生物标志物。CD44 和 TLR4 表达下调,而 MIF 和 PIK3R1 表达上调。当整合到诊断列线图中时,它们显示出临床实用性,并影响细胞功能。在 PE 的免疫谱中,单核细胞减少,静息自然杀伤细胞增多,抗原提呈细胞、检查点、T 细胞共刺激和 MHC I 类途径的活性降低。单细胞 RNA 测序鉴定出 11 种细胞类型,其中 10 种存在显著差异。内皮细胞与其他细胞类型的研讨减少,而共同髓样祖细胞(CMP)与绒毛细胞滋养层(VCT)之间的相互作用增强。VCT 中 CD44、MIF 和 PIK3R1 的表达水平显著不同,且对子痫前期至关重要。它们在早期子痫前期降低而在晚期子痫前期升高,反映了胎盘对不良妊娠条件的适应。
结论:顺利获得综合分析确定的四个基因 CD44、MIF、PIK3R1 和 TLR4 为子痫前期的重要生物标志物,并为子痫前期的细胞机制给予了见解,为后续研究给予较强的参考价值。